Im 13.Jahrhundert zog der Bischof von Schwerin mit seinem Domkapitel nach Bützow. Bischofssitz war zunächst die slawische Burganlage auf dem Hopfenwall. Nach 1263 ließ der Bischof Hermann der erste Graf von Schladen eine neue Bischofsburg außerhalb der Stadt bauen. Das heutige Schloss hat eine wechselvolle Baugeschichte hinter sich.

1383 wurde der blaue Turm fertiggestellt. 1444-1447 ließ Bischof Nikolaus I. Böddecker den viereckigen Gefängnisturm bauen (stand bis 1754). Die Erweiterung der Bischofsburg und der allmähliche Umbau zum Renaissanceschloss erfolgte 1556 unter Herzog Ulrich.

Nachdem das Schloss keine Funktion als Bischofsresidenz mehr hatte, war es 1713-1749 Witwensitz der Herzogin Sophie Charlotte, der Gründerin der deutsch-reformierten Gemeinde .

1760-1780 wurden die Räume des Schlosses für das Pädagogium (eine studienvorbereitende Lehranstalt mit Internat) und bis 1789 ein Zimmer von der Universität „Fridericiana“ genutzt. Berühmte Professoren lehrten in vier Fakultäten (theologische, juristische, medizinische, philosophische).

Das „Kriminalkollegium“ als zentrales Gericht zur Aufklärung schwerer Straftaten hatte von 1812-1879 seinen Sitz im Schloss. Dafür wurden Gerichtsräume und Gefängniszellen ausgebaut. Auf dem Schlossplatz errichtete man 1835 das Zentralgefängnis. Die bischöfliche Kapelle wurde zum Gottesdienst der Gefangenen genutzt. Die übrigen Teile des Giebelhauses (Schloss) wurden Wohnungen für Gefängnisbeamte.

Eine 1910-1911 durchgeführte Baumaßnahme veränderte erheblich die äußere und innere Gestaltung des Schlosses. Zu dieser Zeit waren schon die meisten Gebäude des Burgkomplexes verschwunden. Nach 1910 bis in die 70er Jahre diente es überwiegend Wohnzwecken, in späteren Zeiten war es ein Haus der Kultur (Bibliothek, Heimatmuseum, Musikschule, Restaurant).

Seit Dezember 1999 steht das Gebäude leer.